Setelah dilakukan soft launching oleh Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman dan Investasi pada (27/8/2021) lalu, kini KA Bandara Yogyakarta akan beroperasi secara komersial melayani masyarakat Yogyakarta dan wisatawan yang akan menuju Bandara Internasional Yogyakarta maupun sebaliknya.